系統發生樹






File:生命系统发生树.svg
细菌
古菌
真核生物
产水菌属
热袍菌属
噬胞菌属
拟杆菌属
浮霉菌属
蓝菌门
变形菌门
螺旋菌
革兰氏阳性菌
绿丝状菌
热网菌属
热变形菌属
热球菌属
甲烷球菌属
甲烷杆菌属
甲烷八叠球菌属
适盐菌属
内变形虫属
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动物
真菌
植物
纤毛虫
鞭毛虫
毛滴虫目
微孢子虫门
双滴虫目

利用16S 核糖體RNA繪製的系統演化樹，三個最大分支（域）分別爲細菌域、古菌域和真核生物域。




自動生成的生命樹，基於完全測序的基因組。[1][2]


系統發生樹（英语：phylogenetic tree）又稱演化樹或进化树（evolutionary tree），是表明被認爲具有共同祖先的各物種間演化關係的樹状图。是一種親緣分支分類方法（cladogram）。在图中，每個節點代表其各分支的最近共同祖先，而節點间的綫段長度對應演化距離（如估計的演化時間）。




目录






  • 1 樹的種類


    • 1.1 根




  • 2 樹的算法


    • 2.1 矩陣法


    • 2.2 簡約法


    • 2.3 最大似然法


    • 2.4 后驗概率法




  • 3 相關軟件


    • 3.1 Phylip


    • 3.2 ARB


    • 3.3 MrBayes


    • 3.4 BAMBE


    • 3.5 軟件




  • 4 参考文献


  • 5 外部連結


  • 6 參見





樹的種類




系統發生樹



根





肌球蛋白的無根樹


樹可分爲有根樹和無根樹兩類。有根樹是具有方向的樹，包含唯一的節點，將其作爲樹中所有物種的最近共同祖先。右圖即是一個有根樹，表示了三域系統(Woese 1998)。最常用的確定樹根的方法是使用一個或多個無可爭議的同源物種作爲外群（英文outgroup），這個外群要足夠近，以提供足夠的信息，但又不能太近以至于和樹中的種類相混。


把有根樹去掉根即成爲無根樹。一棵無根樹在沒有其他信息（外群）或假設（如假設最大枝長爲根）時不能確定其樹根。無根樹是沒有方向的，其中線段的兩個演化方向都有可能。



樹的算法



矩陣法


近鄰結合法 neighbor-joining (NJ)



簡約法


最大簡約法 maximum parsimony (MP)



最大似然法


最大似然估计 maximum likelihood (ML)



后驗概率法


貝葉斯法 Bayesian



相關軟件



Phylip


官方網站：http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html （英文）



ARB


官方網站：http://www.arb-home.de/ （英文）



MrBayes


官方網站：http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php （英文）



BAMBE


http://www.mathcs.duq.edu/larget/bambe.html (英文)



軟件


軟件列表



  • PAUP*

  • TreeView

  • Phylowin

  • fastDNAml

  • SEMPHY

  • PALM



参考文献





  1. ^ Letunic, I; Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation.. Bioinformatics (Pubmed)使用|format=需要含有|url= (帮助). 2007, 23 (1): 127–8. PMID 17050570. doi:10.1093/bioinformatics/btl529. 


  2. ^ Ciccarelli, FD; Doerks, T; Von Mering, C; Creevey, CJ; Snel, B; Bork, P. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science (Pubmed)使用|format=需要含有|url= (帮助). 2006, 311 (5765): 1283–7. Bibcode:2006Sci...311.1283C. PMID 16513982. doi:10.1126/science.1123061. 




外部連結






维基共享资源中相关的多媒体资源：生命的系統發生樹


  • The Death of the Tree of Life is Greatly Exaggerated

  • 生物软件网 进化树分析软件

  • 生物谷 进化树分析软件

  • 进化树软件使用综述

  • 演化樹輭件介紹（英文）



參見



  • 演化論

  • 生物分類總表

  • 樹 (數據結構)


David Hillis（英语：David Hillis）' Hillis Plot (image)



  • 分類學


  • 系统发生学(phylogenetics)


  • 系統發生網路(phylogenetic network)












































  • 查

  • 论

  • 编



系统发生学主題

相关领域


  • 计算系统发生学（英语：Computational phylogenetics）

  • 分子系统发生学

  • 支序分類學

  • 进化分类学（英语：Evolutionary taxonomy）
基本概念



  • Phylogenesis（英语：Phylogenesis）
    • Cladogenesis（英语：Cladogenesis）



  • 系統發生樹
    • Cladogram（英语：Cladogram）


  • 演化網路

  • 長枝吸引效應


  • 演化支 與 Evolutionary grade（英语：Evolutionary grade）


  • Lineage (evolution)（英语：Lineage (evolution)）
    • Ghost lineage（英语：Ghost lineage）


  • Ghost population（英语：Ghost population）
推理方法


  • Maximum parsimony

  • 最大簡約法

  • Probabilistic methods

    • 最大似然估计

    • 貝葉氏譜系分析




  • Distance matrices in phylogeny（英语：Distance matrices in phylogeny）

    • 近鄰結合法

    • UPGMA（英语：UPGMA）


    • Least squares inference in phylogeny（英语：Least squares inference in phylogeny）（見最小平方法）



  • Three-taxon analysis（英语：Three-taxon analysis）
当前的课题


  • PhyloCode（英语：PhyloCode）

  • DNA条形码

  • 分子系统发生学

  • Phylogenetic comparative methods（英语：Phylogenetic comparative methods）

  • Phylogenetic niche conservatism（英语：Phylogenetic niche conservatism）

  • List of phylogenetics software（英语：List of phylogenetics software）

  • Phylogenomics（英语：Phylogenomics）

  • 系統地理學

  • DNA phylogeny
Group traits



  • Primitive (phylogenetics)（英语：Primitive (phylogenetics)）

    • Plesiomorphy（英语：Plesiomorphy）

    • Symplesiomorphy



  • Derived

    • 共有衍徵

    • 共有衍徵

    • Autapomorphy（英语：Autapomorphy）
群組種類


  • 单系群

  • 並系群

  • 多系群
名稱


  • Phylogenetic nomenclature（英语：Phylogenetic nomenclature）

  • Crown group（英语：Crown group）

  • 旁系群

  • 基群

  • Supertree（英语：Supertree）



  • 分类进化生物学的课题列表（英语：Index of evolutionary biology articles）


  • 主题演化生物学





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