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2006年國際足協世界盃外圍賽中，國際足聯六大洲足協（亞洲、非洲、大洋洲、歐洲、中北美洲及南美洲）分配出32個參加2006年世界盃決賽周席位，再根據各洲實力決定每個洲的出線球隊，分配如下：

歐洲 - 51隊，14個出線席位（德國以主辦國身分直接出線決賽周）

非洲 - 51隊，5個出線席位

南美洲 - 10隊，4.5個出線席位

亞洲 - 39隊，4.5個出線席位

中，北美洲及加勒比海 - 34隊，3.5個出線席位

大洋洲 - 12隊，0.5個出線席位

本屆外圍賽原先希望大洋洲能夠得到1個出線席位，但許多人反對這樣做會讓澳洲直接晉身決賽周，畢竟澳洲在大洋洲中實力最強，加上論大洋洲的規模（只有12隊，而且大部分球隊的實力太低）根本不值得獲得1個席位，最終2003年6月否決大洋洲冠軍自動晉級世界盃決賽周的議案，而大洋洲冠軍仍會與南美洲的第5名爭取決賽周，而澳洲已經決定由2006年開始加入亞洲足協，並於2010年世界盃外圍賽以亞洲球隊身分參加外圍賽。

除了南美洲區無須抽籤外，其他洲份的外圍賽於2003年12月5日進行抽籤，而南美足協（CONMEBOL）成員以聯賽在小組比賽，外圍賽於2004年1月展開。

出線隊伍

晉級球隊

球隊	出席次數	連續出席次數	上次出席決賽週年份
歐洲
德國（主辦國）	16次	14次	2002年
意大利	16次	12次	2002年
西班牙	12次	8次	2002年
英格蘭	12次	3次	2002年
法國	12次	3次	2002年
瑞典	11次	2次	2002年
塞黑	10次	1次	1998年⁽¹⁾
荷蘭	8次	1次	1998年
瑞士	8次	1次	1994年
波蘭	7次	2次	2002年
葡萄牙	4次	2次	2002年
克羅地亞	3次	3次	2002年
捷克	1次	1次	1990年⁽²⁾
烏克蘭	1次	1次	首次
非洲
突尼西亞	4次	3次	2002年
迦納	1次	1次	首次
多哥	1次	1次	首次
科特迪瓦	1次	1次	首次
安哥拉	1次	1次	首次
南美洲
巴西	18次	18次	2002年
阿根廷	14次	9次	2002年
巴拉圭	7次	3次	2002年
厄瓜多爾	2次	2次	2002年
亞洲
南韓	7次	6次	2002年
沙地阿拉伯	4次	4次	2002年
日本	3次	3次	2002年
伊朗	3次	1次	1998年
中北美洲及加勒比海地區
墨西哥	13次	4次	2002年
美國	8次	5次	2002年
哥斯達黎加	3次	2次	2002年
千里達	1次	1次	首次
大洋洲
澳洲	2次	1次	1974年

¹塞爾維亞及黑山之前以南斯拉夫（南斯拉夫聯盟共和國，非南斯拉夫社會主義聯邦共和國）的身分出席法國世界盃。

²捷克之前是捷克斯洛伐克的一部分，曾出席過8屆世界盃，最後一次出席為1990年。

外圍賽階段

歐洲區

每組的首名直接晉身2006年世界盃決賽周，而在八組中兩隊成績最佳的第二名都會晉身2006年世界盃決賽周。其餘六組的第二名進行雙循環的附加賽，最終勝出的三隊可晉身決賽周。

粗體字代表出線外圍賽

斜體字代表進入附加賽階段

斜體粗字及代表經附加賽出線的球隊

第一組	第二組	第三組	第四組
1. 荷蘭	1. 烏克蘭	1. 葡萄牙	1. 法国
2. 捷克	2. 土耳其	2. 斯洛伐克	2. 瑞士
3. 羅馬尼亞	3. 丹麥	3. 俄羅斯	3. 以色列
4. 芬兰	4. 希臘	4. 爱沙尼亚	4. 爱尔兰
5. 北馬其頓	5. 阿尔巴尼亚	5. 拉脫維亞	5. 賽普勒斯
6. 亞美尼亞	6. 格鲁吉亚	6. 列支敦斯登	6. 法罗群岛
7. 安道尔	7. 哈萨克斯坦	7. 卢森堡
第五組	第六組	第七組	第八組
1. 義大利	1. 英格兰	1. 塞尔维亚和黑山	1. 克罗地亚
2. 挪威	2. 波蘭	2. 西班牙	2. 瑞典
3. 苏格兰	3. 奥地利	3. 波斯尼亚和黑塞哥维那	3. 保加利亚
4. 斯洛維尼亞	4. 北爱尔兰	4. 比利時	4. 匈牙利
5. 白俄羅斯	5. 威尔士	5. 立陶宛	5. 冰島
6. 摩爾多瓦	6. 阿塞拜疆	6. 圣马力诺	6. 馬爾他

歐洲區外圍賽各分組成績及賽程資料可參見2006年世界盃-歐洲區外圍賽。

南美洲區

南美州區的世界盃外圍賽是於2003年9月開始，外圍賽是以全部十隊進行雙循環的對賽（主場和作客）。18 場結束後，首 4 名隊伍可直接晉身2006年世界盃決賽週，而第 5 名的國家隊要和大洋州區的優勝者進行兩回合的附加賽，最後的勝利者進入 32 強決賽。

2005年6月8日，阿根廷 3–1 擊敗巴西後已經肯定2006年世界盃決賽周。另外，巴西於9月4日以 5–0 戰勝智利後已肯定成功晉身決賽周，而厄瓜多爾及巴拉圭均在最後一場才確定出線。

非洲區

非洲區共有5個名額：出線球隊有

多哥:10月8日以3-2反勝剛果，小組領先塞內加爾2分而出線

加納:10月8日3-0取勝對手，另一方面南非只同剛果民主共和國打成2-2，令加納壓倒對方出線

象牙海岸:10月8日因為喀麥隆與埃及打成1-1，令3-0擊敗對手的象牙海岸得以以一分優勢力壓喀麥隆出線

安哥拉:10月8日安哥拉及奈及利亞各自擊敗對手，但兩隊的對賽成績中安哥拉比較好而出線

突尼西亞:10月8日突尼西亞成功主場迫和小組次名摩洛哥，1分壓倒對方出線

粗體字代表出線外圍賽

第一組	第二組	第三組	第四組	第五組
1. 多哥	1. 迦納	1. 象牙海岸	1. 安哥拉	1. 突尼西亞
2. 塞內加爾	2. 剛果民主共和國	2. 喀麥隆	2. 奈及利亞	2. 摩洛哥
3. 尚比亞	3. 南非	3. 埃及	3. 辛巴威	3. 幾內亞
4. 剛果共和國	4. 布吉納法索	4. 利比亞	4. 加蓬	4. 肯雅
5. 馬利	5. 佛得角	5. 蘇丹	5. 阿爾及利亞	5. 博茨瓦納
6. 賴比瑞亞	6. 烏干達	6. 貝南	6. 盧旺達	6. 馬拉威